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Facilities - Sequenciador Illumina MiSeq

 
 
 
O Departamento de Análises Clínicas da Faculdade de Ciências Farmacêuticas possui um sequenciador de última geração MiSeq (Illumina) que permite o sequenciamento de DNA, RNA mensageiro, microRNAs e genomas com um custo acessível do que outras técnicas de sequenciamento de última geração.
Suas aplicações variam de análise de expressão gênica, metagenoma, busca por SNPs, microbioma e montagem de pequenos genomas e plasmídeos.
 
Regras gerais para o uso do equipamento
Não oferecemos o serviço de preparo de bibliotecas e não dispomos de kits de sequenciamento, portanto o usuário deverá comprar todos os reagentes necessários e prepará-los em seu laboratório.
Para cotação de reagentes e informações quanto ao preparo das bibliotecas, favor acessar o site da Illumina (http://support.illumina.com) ou entrar em contato com o suporte científico (contato: Daniella Rossetto drossetto@illumina.com, Ana Aidar aaidar@illumina.com, Claudio Andrade candrade@illumina.com e Luiz Silva lsilva@illumina.com).
 
O usuário deverá, obrigatoriamente, criar uma conta no Basespace da Illumina para acessar os resultados do sequenciamento.
 
Agendamento
O agendamento, instruções e confirmações do sequenciamento serão realizados exclusivamente através do e-mail: miseqfcf@outlook.com
 
Docentes responsáveis: Irene Soares, Helder Nakaya e Mario Hirata
 

Detalhes do aparelho e protocolo de preparo podem ser obtidos aqui. 
 
Lista de publicações com nosso aparelho
J Glob Antimicrob Resist. 2017 Sep;10:19-20. doi: 10.1016/j.jgar.2017.03.005. Draft genome sequence of a CTX-M-15-producing endophytic Klebsiella pneumoniae ST198 isolate from commercial lettuce. Lopes R1, Cerdeira LT2, Fernandes MR2, Pérez-Chaparro PJ2, McCulloch JA2, Lincopan N3.

J Antimicrob Chemother. 2017 Apr 1;72(4):1255-1256. doi: 10.1093/jac/dkw543. Escherichia coli carrying IncX4 plasmid-mediated mcr-1 and blaCTX-M genes in infected migratory Magellanic penguins (Spheniscus magellanicus). Sellera FP1, Fernandes MR2, Sartori L2, Carvalho MP3, Esposito F2, Nascimento CL4, Dutra GH4, Mamizuka EM2, Pérez-Chaparro PJ2, McCulloch JA2, Lincopan N2,5.

Genome Announc. 2015 Aug 13;3(4). pii: e00893-15. doi: 10.1128/genomeA.00893-15. Complete Genome Sequence of Staphylococcus aureus FCFHV36, a Methicillin-Resistant Strain Heterogeneously Resistant to Vancomycin. McCulloch JA1, Silveira AC2, Lima Moraes Ada C3, Pérez-Chaparro PJ4, Ferreira Silva M5, Almeida LM5, d'Azevedo PA6, Mamizuka EM5.

Antimicrob Agents Chemother. 2015 Dec;59(12):7387-95. doi: 10.1128/AAC.01458-15. Characterization of Tn3000, a Transposon Responsible for blaNDM-1 Dissemination among Enterobacteriaceae in Brazil, Nepal, Morocco, and India. Campos JC(1), da Silva MJ(2), dos Santos PR(3), Barros EM(1), Pereira Mde O(1), Seco BM(1), Magagnin CM(4), Leiroz LK(2), de Oliveira TG(5), de Faria-Júnior C(6), Cerdeira LT(7), Barth AL(4), Sampaio SC(8), Zavascki AP(9), Poirel L(10), Sampaio JL(11). 
 
 
 
 
 
 

Última atualização em 13/03/2018 às 10h58